Untuk melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud diatas, Lembaga Pemasyarakatan menyelenggarakan fungsi:

1. Melaksanakan Penelitian Kemasyarakatan (LITMAS) untuk membantu memperlancar tugas penyidik, penuntut umum, dan hakim dalam persidangan anak;
2. Menyusun program bimbingan Klien Pemasyarakatan;
3. Mengikuti sidang pengadilan anak di Pengadilan Negeri dan sidang TPP di Lapas/Rutan sesuai dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku;
4. Melaksanakan Penelitian Kemasyarakatan TPP;
5. Melaksanakan registrasi Klien Pemasyarakatan;
6. Melaksanakan bimbingan terhadap Klien Pemasyarakatan;
7. Memberi bantuan bimbingan kepada bekas napi, anak didik, dan Klien Pemasyarakatan yang membutuhkan (after care) dan;
8. Melakukan urusan TU BAPAS

Balai Pemasyarakatan Kelas II Wonosari terdiri dari:

1. Sub Bagian Tata Usaha;
   Tugas
   Sub Bagian Tata Usaha mempunyai tugas melakukan urusan tata usaha dan rumuah tangga LAPAS
   Fungsi
   • Melakukan urusan kepegawaian dan keuangan;
   • Melakukan urusan surat-menyurat, perlengkapan dan rumah tangga;
   Sub Bagian Tata Usaha Terdiri dari :
   • Urusan Kepegawaian dan Keuangan;
     Tugas
     Urusan Kepegawaian dan Keuangan mempunyai tugas melakukan urusan kepegawaian dan keuangan;
   • Urusan Umum;
     Tugas
     Urusan Umum mempunyai tugas melakukan surat-menyurat, perlengkapan dan rumah tangga;
2. Seksi Bimbingan Narapidana / Anak Didik;
   Tugas
   Seksi Bimbingan Narapidana / Anak Didik mempunyai tugas memberikan bimbingan pemasyarakatan narapidana / anak didik
   Fungsi
   • Melakukan registrasi dan membuat statistik serta dokumentasi sidik jari narapidana / anak didik;
   • Memberikan bimbingan pemasyarakatan, mengurus kesehatan dan memberikan perawatan bagi narapidana / anak didik;
   Seksi Bimbingan Narapidana / Anak Didik Terdiri dari :
   • Sub Seksi Registrasi;
     Tugas
     Sub Seksi Registrasi mempunyai tugas melakukan pencatatan dan membuat statistik serta dokumentasi sidik jari narapidana / anak didik;
   • Sub Seksi Bimibingan Kemasyarakatan dan Perawatan;
     Tugas
     Sub Seksi Bimibingan Kemasyarakatan dan Perawatan mempunyai tugas memberikan bimbingan dan penyuluhan rohani serta memberikan latihan olah raga, peningkatan pengetahuan asimilasi, cuti penglepasan dan kesejahteraan narapidana / anak didik serta mengurus kesehatan dan memberikan perawatan bagi narapidana / anak didik;
3. Seksi Bimbingan Narapidana / Dewasa;

Tugas

Seksi Bimbingan Narapidana / Anak Didik mempunyai tugas memberikan bimbingan pemasyarakatan narapidana / Dewasa
Fungsi

• Melakukan registrasi dan membuat statistik serta dokumentasi sidik jari narapidana / Dewasa;
• Memberikan bimbingan pemasyarakatan, mengurus kesehatan dan memberikan perawatan bagi narapidana / Dewasa;

Seksi Bimbingan Narapidana / Dewasa Terdiri dari :

1. 1. Sub Seksi Registrasi;
      Tugas
      Sub Seksi Registrasi mempunyai tugas melakukan pencatatan dan membuat statistik serta dokumentasi sidik jari narapidana / Dewasa;
   2. Sub Seksi Bimibingan Kemasyarakatan dan Perawatan;
      Tugas
      Sub Seksi Bimibingan Kemasyarakatan dan Perawatan mempunyai tugas memberikan bimbingan dan penyuluhan rohani serta memberikan latihan olah raga, peningkatan pengetahuan asimilasi, cuti penglepasan dan kesejahteraan narapidana / anak didik serta mengurus kesehatan dan memberikan perawatan bagi narapidana / Dewasa;